寛永９年６月１８日、岡山藩主であった池田光仲公(当時３歳、１６３０～１６９３)が鳥取城主として国替えになられたおり、祐筆・相談役として備前片上(現・和気郡備前町)からお供をして来たり、邑美郡鳥取城下・若桜橋上手の荒尾家下屋敷にて庵を建立して『紫雲庵』と号して居住したのが初代の正現律師である。　

後日(年号不明)火災にて庵が焼失した折、池田光仲公の命によって因幡・伯耆・隠岐の３ケ国に布令を出して浄財を集め、寛永１５年(１６３８)に再建した。その折、池田公のお声がかりにて庵号も山号に改め、『紫雲山　淨宗寺』と号して浄土真宗本願寺派の末寺となった。その後、寛文５年(１６６５)２月１３日、馬場町柿ケ谷通りの学成寺(日蓮宗)末院・林乗坊の土地を購入のうえ、寺院をその場に移して今日に至っている。

その後、第４世・義達法師の時の宝暦３年(１７５３)３月２４日、昼過ぎの火事にて類焼し、現在の栄町郵便局のあたりまであった土地の一部を売却して再度建立した。後、明治初年(１８６８)より明治１５年(１８８２)まで日新小学校が本堂で開校していたが、明治２８年(１８９５)の冬に再度火事に遭って全焼した。

さらに、第１０世・義完法師の時には昭和１８年(１９４３)９月１０日の鳥取大震災にて本堂・庫裏ともに全壊。やっと再建したにもかかわらず、昭和２７年(１９５２)４月１７日には鳥取大火災にて再度全焼。加えて、境内の墓地を都市計画区画整理事業にて円護寺公園墓地に強制移転させられるなどのことがあって現在に至っている。その中で、現在の本堂は昭和３４年(１９５９)４月６日にご門徒総意の元に再々度建立され、また、総２階の現庫裏は昭和５２年(１９７７)３月２７日に完成している。

また、第１１世・釋義明の時には、昭和６１年１１月９日に山門の建立、平成１６年８月１１日に納骨堂の改築、平成２０年９月１７日に庫裡（奥）の建築、平成２１年１０月２３日に本堂の荘厳修復と耐震工事に続き、新たに寺院専用駐車場も併設もしている。

なお、寺内には歌集『回水園集』を刊した中島宜門(回水園と号す。１８０７～１８９４)及び俳句集『文字扇』を刊した岡田幾外(華峰庵幾外と号す。１８７３～１９４９)の墓がある。

寺宝としては、池田光仲公より拝領した鎌倉時代の作と伝えられる開基仏・阿弥陀如来立像、親鸞聖人直筆の和讃、蓮如上人直筆の六字名号[南無阿弥陀仏]の書幅がある。

※境内には六角堂を模した納骨堂『しうんざん廟』があり、地下１階と２階には各家用の納骨箱が安置してあります。また、お参りは雨天でも傘を差す必要がない建物内でのお参りとなっており、線香等も常設してありますので、いつでも気軽にお参り出来ます。